Ministrstvo je organizirano po direktoratih, ki opravljajo naloge iz izvorne pristojnosti resorja:
Operativne naloge izvajajo organi v sestavi ministrstva, kontrolne pa inšpekcijske službe.

Vir: DARS
Poslanstvo ministrstva
Ministrstvo za promet opravlja naloge na področjih železniškega, zračnega, pomorskega prometa, prometa po celinskih vodah in cestnega prometa, razen nadzora varnosti cestnega prometa, ter naloge na področjih prometne infrastrukture in žičniških naprav.
Za izvajanje svojega poslanstva mora Ministrstvo za promet zagotavljati usklajeno, zanesljivo in stroškovno učinkovito delovanje celotnega prometnega sistema. |